Black Torch akan berfokus pada Jirou Azuma, remaja berusia tujuh belas tahun, yang menjalani kehidupan tenang bersama kakeknya. Berkat kemampuan supernatrual untuk berbicara dengan hewan, ia sering berteman sekaligus melindungi mereka. Jirou dan kakeknya merupakan keturunan dari sebuah klan shinobi yang telah diwariskan secara turun-temurun, dan mereka terus berlatih demi menjaga warisan seni bertarung keluarga mereka.
Kehidupan Jirou berubah drastis setelah ia menyelamatkan seekor kucing hitam yang tampak biasa bernama Ragou. Tak lama kemudian, ia mengetahui bahwa Ragou sebenarnya adalah seorang mononoke, roh iblis yang telah lama berperang melawan umat manusia. Ketika seorang mononoke lain datang memburu Ragou, Jirou menggunakan kemampuan shinobinya untuk melindunginya, tetapi ia justru mengalami luka yang mematikan.
Dihadapkan pada pilihan untuk menyerap sisa kehidupan Jirou demi memulihkan kekuatannya sendiri, Ragou justru memilih memberikan seluruh energi yang tersisa kepada Jirou. Keputusan itu menghidupkan kembali Jirou sekaligus memberinya kekuatan supernatrual yang berpadu dengan gaya bertarung shinobinya.
Peristiwa tersebut disaksikan oleh Ryousuke Shiba, seorang anggota Biro Intelijen yang bertugas membasmi mononoke berbahaya. Shiba kemudian menawarkan Jirou dan kakeknya untuk bergabung dengan unit baru bernama Black Torch, agar bersama-sama menghadapi para mononoke kuat yang mengincar manusia tak berdosa sebagai mangsanya.
