Kisah Let’s Go Kaiki-gumi mengikuti seorang protagonis tanpa nama yang memiliki kepekaan terhadap fenomena supernatural enam kali lebih tinggi dibandingkan manusia biasa. Suatu hari, ia bertemu dengan Mechako, gadis misterius yang memimpin Kaiki-gumi, sebuah organisasi yang bertugas mengawasi sekaligus mengendalikan tingkah laku para hantu dan monster yang mengancam manusia.
Tanpa sengaja, sang protagonis terseret untuk membantu menghidupkan kembali Kaiki-gumi yang telah lama meredup. Sejak saat itu, ia terlibat dalam berbagai kejadian aneh, misteri supernatural, dan kekacauan kocak yang terus bermunculan satu demi satu.
