Mobile Suit Gundam Unicorn mengambil latar tiga tahun setelah Char’s Counterattack, ketika perang besar antara Federasi Bumi dan Neo Zeon telah mereda, tetapi ketegangan politik masih menyelimuti ruang angkasa. Di tengah ketidakpastian itu, tersembunyi sebuah rahasia besar yang disebut Laplace’s Box—sebuah peninggalan berbahaya dari masa lalu yang diyakini mampu mengguncang fondasi Federasi Bumi jika terungkap pada dunia.
Cerita berpusat pada Banagher Links, seorang pemuda biasa yang tak sengaja terlibat dalam konflik besar setelah bertemu dengan gadis misterius bernama Audrey Burne. Pertemuan itu menyeretnya ke dalam pusaran pertempuran sengit antara Federasi dan Neo Zeon Sleeves, hingga ia ditakdirkan menjadi pilot RX-0 Unicorn Gundam. Mobile suit putih ini bukan hanya simbol kekuatan, tetapi juga kunci yang akan membuka rahasia Laplace’s Box, menjadikan Banagher sosok penentu dalam pertarungan demi masa depan umat manusia.
Konflik demi konflik membawa Banagher bertemu sekutu maupun musuh yang memiliki keyakinan berbeda tentang arti keadilan dan perdamaian. Sementara Federasi berusaha mempertahankan kekuasaannya dengan segala cara, Sleeves berjuang demi kebebasan kaum kolonialis. Di antara intrik politik, pengkhianatan, dan pertempuran dahsyat di luar angkasa, Gundam Unicorn menyoroti pertarungan ideologi tentang nasib manusia: apakah masa depan akan tetap dalam cengkeraman Federasi, atau terbuka menuju era baru yang penuh harapan—atau justru kehancuran.
